Ich hab das Problem auch seit kurzem (Netload Premium). Da steht dann immer "Verbindung verloren". Dann dauert es 1-2 Minuten bis es weiiter geht. Hinzu kommen auch noch ständig Einbrüche bei der Geschwindigkeit. Das Problem besteht aber auch tagsüber, mitten in der Woche.
Ich werde es beobachten. Aber ich denke nicht, dass es mit dem jDownloader zusammenhängt.
Edit: Mir ist aufgefallen, dass nun auch bei Rapidshare (Free User) die Verbindung verloren geht.