Das heißt nur, das JDUnrar (also das interne Entpackprogramm des JD) nachher eventuell nicht mehr richtig funktioniert.
Du solltest trotzdem das Update machen, ist immer besser wenn das Programm aktuell ist.
Ich persönlich nutze JDUnrar sowieso nicht, da es manchmal runzickt, da entpack ich die Archive nachher lieber von Hand mit Winrar.