Beim Programm "Handbrake" kann man für seine DVD und Bluray Kopien so etwas vorher einstellen und auch eigene Profile erstellen, so dass quasi für jeden Film/ Serie das Gleiche Format genutzt wird.
Musste einfach mal schauen, das Programm ansich ist recht simpel und einfach zu bedienen, bietet aber Dank verschieder Tuts im Netz auch richtig tiefgründige Einstellungen, gerade wenn es um Qualität bei geringer Dateigröße gehen soll.
Solltest du schon MKVs haben, welche die Tonspuren "durcheinander" haben, kannste das auch ganz leicht mit mkvmerge neu machen ohne das alles nochmal neu berechnet werden muss. Denn hier kann man in den MKV Containern auch die Reihenfolge bestimmen und ob eine Tonspur die erzwungene sein soll.