Biker Mice From Mars hat ein paar 2- und 3-Teiler. Auch bei Teenage Mutant Ninja Turtles 2K3 gibt es einige (ziemlich gute) Storyarcs über mehrere Episoden hinweg.
einige meiner Favoriten:
- Alfred J. Kwack
- Alle meine Freunde
- Anne mit den roten Haaren
- Heidi
- Hils Holgerson
- Die kleine Prinzessin Sara
- Die singende Familie Trapp
- Rascal der Waschbär
- Marco
- WIlly Fog Reihe (20.000 Meilen unter dem Meer / Zum Mittelpunkt der Erde / Um die Welt in 80 Tagen)
generell aber eher Japanische Anime Serien als US Zeichentrickserien
Vielen Dank, werd mich da mal einlesen. Bin für weitere Vorschläge natürlich offen 
Avengers - Die mächtigsten Helden der Erde
Transformers Prime
Roswell Conspiracies
Chris Colorado
Green Lantern TAS
Highlander TAS
Prinz eisenherz
Willy fog
Mir fällt noch ein an "älteren" die auch mal in Deutschland im Fernsehen liefen:
- Die schwarzen Brüder (Romio no aoi sora)
- Eine fröhliche Familie (Ai no wakakusa monogatari)
- Das Mädchen von der Farm (Makiba no shōjo Katori)
Schade dass es die "Neuauflage" des World Masterpiece Theatre von 2007-2009 mit
- Les Misérables: Shōjo Cosette
- Porphy no Nagai Tabi
- Konnichi wa Ann – Before Green Gables
nicht mehr nach DE geschafft hat.
Kickers
Die tollen Fußballstars
Mila Superstar
Ich würde noch
- Transformers Cybertron (gesamte Serie)
- Transformers Armada (Folgen 40-52)
- X-Men Evolution (beim Staffelübergang 2-3 St, Ende 4. Staffel)
- D'artagnan und die 3 Musketiere (Anime - gesamte Serie)
- Dogtanian (gesamte Serie)
- Nadia - Secret of Blue Water (gesamte Serie)
- Zoids alle 3 Serien (gesamte Serie)
ergänzen.
Ein Supertrio- Katzenauge, Lady Georgie, Lady Oscar, Rock'n'Roll Kids, Ninja Turtels, Die Raccoons, Mäuse an der Macht, Sophie und Virginie, Starla und die Kristalretter, Wedding Peach, Hikari und die kleinen Superstars
Mir würde auf anhieb die Anime Serie
Die Königin der 1000 Jahre
einfallen.
Erzählt eine Geschichte über 42 Folgen.
Ist aber schon eine etwas ältere Serie.
